Кафедра возникла на математическом факультете ЯрГУ в 1981 году под названием «Кафедра прикладной информатики и архитектур ЭВМ». В 1986 году при образовании факультета ИВТ она стала одной из его трех кафедр. Свое нынешнее название кафедра приобрела в 1998 году.

Основными приоритетами, определяющими направление работы кафедры, является подготовка квалифицированных специалистов в области разработки и исследования алгоритмов, способов хранения и обработки информации, проектирования приложений и программных комплексов, предназначенных для решения широкого спектра прикладных и системных задач для различных вычислительных платформ.

Кафедра участвует в реализации многоуровневой системы подготовки специалистов на факультете ИВТ. Примерно половина студентов по направлению «Фундаментальная информатика и информационные технологии» проходят специализацию по этой кафедре. Кафедра также участвует в подготовке бакалавров, специалистов и магистров по направлениям «Прикладная математика и информатика» и «Прикладная информатика в экономике», в рамках которых преподавателями кафедры читаются дисциплины по информатике, разработке и исследованию алгоритмов, целому ряду языков и технологий программирования.